En los institutos de educación secundaria existirán, entre los órganos de coordinación docente, departamentos de coordinación didáctica que se encargarán de la organización y desarrollo de las enseñanzas propias de las materias o módulos que se les encomienden.
Los departamentos del IES Vega del Jarama son:
- Biología y Geología
- Dibujo
- Economía
- Educación Física
- Filosofía
- Física y Química
- Francés
- Geografía e Historia
- Inglés
- Latín
- Lengua Castellana y Literatura
- Matemáticas
- Música
- Orientación
- Religión
- Tecnología