Las instalaciones del CEIP Ciudad de Nejapa son:

• Dos pabellones:  Infantil y Primaria
• Gimnasio
• Biblioteca
• Sala e Informática con 25 puestos individuales
• Aula de Robótica
• 2 patios diferenciados para Educación Infantil
• Pistas deportivas, una de ellas cubierta
• Aulas de Atención a la Diferencias Individuales: 
  • Audición y Lenguaje
  • Pedagogía Terapéutica
  • Equipo de Orientación 
  • Equipo de Atención Temprana
• Laboratorio
• Aula multifuncional
• Dos comedores diferenciados para Infantil y Primaria