El IES Ciudad de Jaén ha participado en el programa Erasmus desde el curso 2011-2012 cuando obtuvo la EUC (Carta Universitaria Erasmus) que establece los principios fundamentales de toda actividad de dicho Programa.
Otros programas como:
IPAFD, Plan Refuerza, Programa de Educación Compensatoria B, Global Scholars, Campeonatos Escolares, Banco de Alimentos, Programa de Integración para alumnos ACNEEs (asociado a discapacidad motórica, psíquica, sensorial , TDAH, EEA y altas capacidades), Global Classrooms, Programa para la mejora de la convivencia y prevención del acoso escolar, Programa de inmersión lingüística en Irlanda,Programa de Bibliotecas Escolares, Programa Junior Achievement.