El entonces Instituto Getafe V, comenzó su singladura en 1987, en una época de efervescencia política, económica y social, como desdoblamiento de los institutos de bachillerato “Matemático Puig Adam” y “Silverio Lanza”.
En 1990, bajo sesión extraordinaria del Consejo Escolar, se decidió el nombre actual de “Laguna de Joatzel”. Más tarde, apareció la denominación de “Instituto de Educación Secundaria”, la cual surgió por la transformación de los antiguos Institutos de Bachillerato (IB) e Institutos de Formación Profesional (IFP).
Cinco profesores son los que han ocupado el cargo de director durante los años de vida del instituto: Mariano T. Labrador (de 1987 a 1988) / Joaquín Giráldez (de 1988 a 1996 y de 2000 a 2004) / Abelardo Sánchez (de 1996 a 2004) / Antonio García (de 2004 a 2007), Santos Gallego (de 2007 a 2023) y Miguel Angel Amores (desde 2023).