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El IES Manuela Malasaña dispone de diferentes espacios y aulas para el desarrollo de las actividades docentes de forma convencional. También dedicamos gran parte de nuestro capacidad a espacios especializados para el desarrollo de diferentes áreas o asignaturas y dotados con materiales y recursos necesarios para el desarrollo curricular de las mismas.
El Instituto consta de tres edificios con una superficie cercana a los 6000 m2, de los que 553 m2 lo son de jardines, pistas deportivas y patios de recreo. Está dividido en 3 edificios: Principal, Ramón y Cajal, y ACE.

Edificio principal
El edificio principal está reservado a los alumnos de 1º y 2º de ESO, y 1º de Bachillerato. En sus tres plantas, se encuentran diversas dependencias como:
- 21 aulas didácticas.
- 1 aula de Informática dotada con 30 nuevos equipos – septiembre 2021).
- 1 aula de Música.
- 1 aula de Dibujo.
- La biblioteca y sala de lectura «Pedro Puyol».
- Los laboratorios de Física y Química,
- Los laboratorios de Biología y Geología.
- La cafetería del centro,
- Instalaciones deportivas y de ocio: 1 gimnasio, patio central y pistas deportivas (de fútbol, de baloncesto y de voleibol)
- El área administrativa, con los despachos de Dirección y Jefatura de Estudios, la Secretaría del centro, la sala de profesores o el despacho de la Asociación de Madres y Padres (AMPA).
Edificio Ramón y Cajal
El edificio «Ramón y Cajal» (entrada por C/ Alfonso XII) acoge a los alumnos de 3º, 4º de ESO y 2º de Bachillerato. Consta de tres plantas en las que se localizan diversas instalaciones:
- 14 aulas didácticas.
- 1 aula de Informática (dotada con 30 nuevos equipos – septiembre 2021).
- La sala de lectura «Santiago Ramón y Cajal».
- 2 talleres de Tecnología.
- 1 laboratorio de Ciencias Naturales.
- 1 aula de Educación Plástica.
- Diversas instalaciones deportivas y de ocio: un patio-arenero, 2 pistas deportivas y 1 Pabellón polideportivo (de propiedad municipal y uso compartido con el CEIP Julián Besteiro),
- 1 sala de profesores.
ACE
- Taller de Cocina
- Taller de Electricidad
- Sala de Informática
- Sala de Profesores
- Despacho de Jefatura de Estudios adjunta
- Patio
