El origen del Fernández Moratín se remonta al año 1934, en el que según investigaciones, se cree fue construido y cuya actividad docente como escuela de párvulos, empezaría en el curso escolar 1935/36.
La zona donde fue construido era la zona de Palacio, y dentro de ella, en “Los Jardines de la Florida”. Esta parte quedaba a las afueras de la capital, junto al río Manzanares, por esta razón, parte de los niños que acudían al Colegio, eran los hijos de las lavanderas. En general, las familias pertenecían a una clase social baja.
Hay constancia de que durante la guerra, se suspendiera su actividad docente. Se cree que por su proximidad al frente, sirvió como hospital o cuartel general. Tras finalizar la guerra, se reanudó su actividad docente en el 1941/42. Convirtiéndose en escuela de niñas, y más tarde con la fusión del Donoso Cortes, (Colegio del Paseo de la Florida) en escuela mixta.
A lo largo del tiempo ha sufrido muchas reformas, debidas por un lado, a los problemas que siempre han causado las corrientes de agua subterránea, y por otro, a la necesidad de ir ampliando y adaptándose a las necesidades de cada momento.