El Consejo Escolar es el órgano colegiado de gobierno de los institutos de educación secundaria, donde participan los diferentes miembros de la Comunidad educativa. En el IES Las Musas, las elecciones para la renovación de los miembros del Consejo escolar se celebran a final de cada año natural par.
| Presidente | Víctor Barbero Romero |
| Secretaria | Marta Galán Lorenzo |
| Jefas de estudios | Gema Martín González Laura Sanz Terradillos |
| Representantes del profesorado | María José Pozo Mora Teodoro I. Fernández Sampedro Ana Infante Cabello David Jiménez Gómez Enrique P. Mesa García M. Isabel Pescador Albiach Mario Quiles Calatayud |
| Representantes del alumnado | Lucas Sánchez Emma Ramos Jorge Grande Elvira Méndez |
| Representantes de padres y madres del alumnado | Ana Arias Roy (designada por el AMPA) Raúl Rico Díez Ana Belén Ares Montoro |
| Representante del PAS | Alicia Laborda Bueno |
| Representante municipal | Diana López Díaz |