Es un centro público de ESO y Bachillerato que inició su actividad en el curso 1977-78 y es el segundo en antigüedad de los Institutos de la zona. Desde entonces hasta el curso 1996-97 se impartían enseñanzas de BUP y COU. A partir del curso 1995-96 comenzó la implantación anticipada de las enseñanzas LOGSE. En el curso 1996-97 se adscribió el edificio del antiguo CP José de Echegaray para impartir 1º y 2º ESO (c/ Encomienda de Palacios, 323). En la actualidad estas dependencias no se utilizan. Desde el curso 1997-98 comparte dicho edificio con el IES Juana de Castilla.
A lo largo de su historia, el IES Felipe II se ha caracterizado por sus buenos resultados en las pruebas de Selectividad y EvAU, por participar en diversos proyectos institucionales (Atenea, Mercurio, Proyectos de Formación en Centros, Intercambios, Cursos de Actualización didáctica y pedagógica, Comenius, etc.). Su Depto. de Orientación comenzó a funcionar con carácter experimental en el curso 1986-87, quedando conformado actualmente como un pilar fundamental del centro.
El horario habitual es de 8.30 h. a 15.25 h. y permanece abierto para programas como Refuerza, PROA+, Teatro de la Asociación El Cotarro e IPAFD hasta las 19 h.
Los programas y proyectos consolidados en el centro son: Biblioteca, Accede, Refuerza, PROA+, IPAFD, Metodologías Activas, Fruta y Leche, grupo de teatro, Libro abierto y 4º ESO + Empresa.Imparte enseñanza bilingüe desde el curso 2018/19, aunque la sección no entró en funcionamiento hasta el curso 2020/21. Desde el curso 22/23 el funcionamiento ordinario de las clases es a través del sistema de aulas materia.
La adscripción actual es CEIP Menéndez Pidal (múltiple ordinaria), CEIP Martínez Montañés y CEIP Real Armada (única bilingüe) y resto de CEIP bilingües.
El centro ha participado este su inicio en el programa PROA+ 21-24 con cinco actividades palanca (Técnicas de estudio en ESO, refuerzo académico en bachillerato, descubre tu talento en ESO, trabajo con minorías en ESO y formación de familias través de la AMPA). Para posteriores cursos se solicitarán actividades palanca que aborden la igualdad entre hombres y mujeres y sostenibilidad entre otras. También ha participado en Proyecto de Innovación y Digitalización de centros 21-25, con la instalación y equipamiento de pizarras digitales en todas las aulas, así como tablets y ordenadores portátiles que podrá repercutir en la mejora de los procesos de enseñanza y aprendizaje, ya que permite el acceso a los recursos digitales a la mayor parte del alumnado. Finalmente, y siguiendo con su tradición en participación en programas de innovación y digitalización, se ha participado durante el curso 25/26 en el programa Código Escuela 2.0, avanzando y creando proyectos relacionados con la robótica.