Es un centro público de ESO y Bachillerato, cuyo lema, visible a la entrada, es “ESTUDIO Y CONCIENCIA”. Inició su actividad en el curso 1977-78 y es el segundo en antigüedad de los Institutos de la zona. Desde entonces hasta el curso 1996-97 se impartían enseñanzas de BUP y COU. A partir del curso 1995-96 comenzó Implantación anticipada de las enseñanzas LOGSE. En el curso 1996-97 se adscribió el edificio del antiguo CP José de Echegaray para impartir 1º y 2º ESO (c/ Encomienda de Palacios, 323). En la actualidad estas dependencias no se utilizan. Desde el curso 1997-98 comparte dicho edificio con el IES Juana de Castilla.
A lo largo de su historia, el IES Felipe II se ha caracterizado por sus buenos resultados en las pruebas de Selectividad y EvAU, por participar en diversos proyectos institucionales (Atenea, Mercurio, Proyectos de Formación en Centros, Intercambios, Cursos de Actualización didáctica y pedagógica, Comenius, etc.). Su Depto. de Orientación comenzó a funcionar con carácter experimental en el curso 1986-87, quedando conformado actualmente como un pilar fundamental del centro.
El horario habitual es de 8.30 h. a 15.25 h. y permanece abierto para programas como Refuerza, PROA+, Teatro de la Asociación El Cotarro e IPAFD hasta las 19 h.
Los programas y proyectos consolidados en el centro son: Biblioteca, Accede, Refuerza, PROA+, IPAFD, Fruta, grupo de teatro, Libro abierto y 4º ESO + Empresa.
Imparte enseñanza bilingüe desde el curso 2018/19, aunque la sección no entró en funcionamiento hasta el curso 2020/21. En este mismo curso, se redujo el número de grupos al perder medio grupo en 1º de bachillerato y un grupo de 4º ESO.
La adscripción actual es CEIP Menéndez Pidal (múltiple ordinaria), CEIP Martínez Montañés y CEIP Real Armada (única bilingüe) y resto de CEIP bilingües.
Durante los tres últimos cursos, el centro ha debido adaptarse a la situación sanitaria con Planes de Contingencia publicados y difundidos en el centro e internet. El centro ha solicitado y se le ha concedido participación en PROA+ 21-24 con cinco actividades palanca (Técnicas de estudio en ESO, refuerzo académico en bachillerato, descubre tu talento en ESO, trabajo con minorías en ESO y formación de familias través de la AMPA). Para posteriores cursos se solicitarán actividades palanca que aborden la igualdad entre hombres y mujeres y sostenibilidad entre otras. También se ha solicitado Proyecto de Innovación y Digitalización de centros 21-25, que podrá repercutir en la mejora de los procesos de enseñanza y aprendizaje