El Colegio San Juan de la Cruz alberga las enseñanzas de Educación infantil (3-6) y de Educación Primaria para lo cual dispone de:
- Tres aulas de infantil en la planta baja
- Seis aulas de primaria en la primera planta
- Aula de Música
- Gimnasio
- Biblioteca
- Aula de Informática
- Aula de Pedagogía Terapéutica
Las aulas están dotadas de pizarra digital, incluidas el aula de música y la biblioteca. El aula de informática dispone de 12 puestos para alumno más uno de profesor y en el gimnasio está instalada una pantalla gigante para diversos usos. En este sentido podemos decir que el centro ha apostado con gran firmeza por la implantación de las Tecnologías de la Información y la Comunicación con la adquisición de tablets, la donación de AMPA y la dotación de la Comunidad de Madrid a raíz de la pandemia.
Además disponemos de comedor con cocina propia, Sala de Profesores y los despachos de Dirección, Jefatura de Estudios, Secretaría y Orientación
Finamente destacar los patios que rodean el centro, uno para infantil, con arenero, zona de juegos y un pequeño huerto; y, otro para primaria, con canchas de baloncesto y fútbol, juegos de suelo y zonas techadas.